Die Orgel der Abteikirche von Gellone ist eines der bemerkenswertesten erhaltenen Beispiele französischer klassischer Orgelbautradition. Sie wurde zwischen 1782 und 1789 von Jean-Pierre Cavaillé, dem Großvater des berühmten Orgelbauers Aristide Cavaillé-Coll, erbaut. Konzipiert als Klosterorgel vom Typ „petit huit pieds“, war sie ursprünglich mit 27 Registern auf drei Manualen und einem Pedal im französischen Stil geplant. Die Wirren der Französischen Revolution verhinderten jedoch die Fertigstellung des Instruments. So blieb das Positiv unvollendet; lediglich Gehäuse, Klaviatur und die Vorbereitungen für die Registerzüge befanden sich auf dem Geländer der Empore. Die Orgel entging während der Revolutionszeit mehrmals nur knapp der Zerstörung. 1792 soll der dort ansässige Organist Jacques Laffond das Instrument vor dem Einschmelzen der Pfeifen bewahrt haben, indem er im Moment der Beschlagnahmung revolutionäre Arien spielte. Spätere Verwaltungspläne aus dem Jahr 1804 sahen vor, die Orgel in die Kirche Notre-Dame-des-Tables zu verlegen. Laffond änderte jedoch geschickt die offiziellen Dokumente, indem er einen anderen Pfarrnamen einfügte und so sicherstellte, dass das Instrument in Saint-Guilhem-le-Désert verblieb. Ein weiterer Versuch, die Orgel 1818 nach Lunel zu bringen, scheiterte ebenfalls am Widerstand der Bevölkerung, sodass sie an ihrem ursprünglichen Standort blieb. Im 19. Jahrhundert trug die relative Armut der Pfarrei paradoxerweise zum Erhalt der Orgel bei und bewahrte sie vor den umfangreichen „Modernisierungen“, die viele historische Instrumente veränderten. Es wurden kleinere Eingriffe vorgenommen, darunter eine Wartung im Jahr 1866 durch Baptiste Puget, doch die Grundstruktur blieb nahezu intakt. Anfang des 20. Jahrhunderts wurde das Instrument während des Ersten Weltkriegs von dem Orgelkundler Félix Raugel wiederentdeckt. Er erkannte sofort seine außergewöhnliche historische Bedeutung. Zu den nachfolgenden Restaurierungen zählten Arbeiten von Maurice Puget im Jahr 1941 und ein umfassenderer Eingriff von Alain Sals im Jahr 1968, der maßgeblich zum internationalen Ruf der Orgel beitrug. Das Instrument wurde 1974 offiziell unter Denkmalschutz gestellt.
Eine große Restaurierungskampagne unter der Leitung von Alain Sals wurde 1984 abgeschlossen. Dabei wurde das lange unvollendete Positiv fertiggestellt, die Orgelmechanik und das Pfeifenwerk restauriert und der originale Keilbalg wiederhergestellt. Weitere Restaurierungsarbeiten im Jahr 2000 konzentrierten sich auf die originalen Windladen und die mechanische Kraftübertragung. Seit 2010 wird die Orgel vom italienischen Orgelbauer Michel Formentelli instand gehalten. Architektonisch und akustisch ist die Orgel ein außergewöhnlich authentisches Zeugnis des französischen Orgelbaus des späten 18. Jahrhunderts. Ihr zweiteiliges Gehäuse aus Nussbaumholz mit Lindenholzornamenten im Rokokostil umschließt ein weitgehend originales Pfeifenwerk von Jean-Pierre Cavaillé. Der Spieltisch verfügt über seine historischen Klaviaturen mit Ebenholz-Naturtasten und Knochen-Kreuztasten, ein traditionelles französisches Pedal und eine rein mechanische Tasten- und Registermechanik. Das Windsystem besteht aus drei Keilbälgen im Turm, die manuell oder elektrisch betrieben werden können. Das Instrument ist heute auf A = 415 Hz gestimmt und verwendet eine modifizierte Quintkomma-Mittelton-Stimmung, inspiriert von den Schriften Dom Bedos de Celles. Es bewahrt eine unverwechselbare Klangpalette, die für den französischen klassischen Stil charakteristisch ist.
