Die Orgel in Sangerhausen wurde am 1. Juni 1728 eingeweiht. Sie wurde von Zacharias Hildebrandt (1688–1757) erbaut, einem Schüler von G. Silbermann und Zeitgenossen Johann Sebastian Bachs. Bach kannte Hildebrandts Orgeln und bewunderte das große Instrument in St. Wenzelskirche in Naumburg, das er selbst einweihte. 1747 nahm Bach gemeinsam mit Silbermann die Orgel in St. Wenzelskirche in Augenschein, wo sein Schwiegersohn Johann Christoph Altnikol zum ersten Organisten ernannt wurde. Bach besuchte auch Hildebrandts Orgel in der Jacobikirche in Sangerhausen, als sein Sohn Johann Gottfried Bernhard dort als Organist wirkte (1737–1738). Nach Silbermanns Tod vollendete Hildebrandt das letzte Instrument des Meisters in der Dresdner Hofkirche (heute: Dom), die größte sächsische Silbermann-Orgel.
Es überrascht wohl kaum, dass Hildebrandts Orgeln hinsichtlich Klanggestaltung und Pfeifenskalen stark von Silbermann beeinflusst sind, und dieser Einfluss ist auch in Sangerhausen sichtbar. Doch Bach könnte durch seine Verbindung zu Hildebrandt auch dessen spätere Orgelbauprojekte beeinflusst haben; einigen wird zugeschrieben, die Orgel in Naumburg mitgestaltet zu haben, die in mancher Hinsicht von einem typischen Silbermann-Entwurf abweicht.
Im 19. Jahrhundert wurde die Orgel in Sangerhausen dem Zeitgeist entsprechend umgebaut, sodass nur noch die Hälfte des ursprünglichen Pfeifenmaterials erhalten blieb. 1978 schloss die Firma Eule die Restaurierung und die Rückführung in ihre barocke Form ab. 2017 führte die Firma Alexander Schuke eine umfassende Wartung und teilweise Intonation durch und lieferte zudem eine neue Posaune 16′. Die Orgel in Sangerhausen ist ein bedeutendes Zeugnis des Orgelklangs, der die Welt Johann Sebastian Bachs prägte. Die Orgel von Sangerhausen diente in der heutigen Zeit als Vorbild für die Utopa-Orgel im Amsterdamer Orgelpark.
Das zweimanualige Instrument (Hauptwerk, Oberwerk, Pedal) in Sangerhausen ermöglicht eine gelungene und wirkungsvolle Aufführung der Musik von Johann Sebastian Bach und seinen Zeitgenossen. Die Orgel ist heute gleichstufig auf 440 Hz gestimmt und eignet sich daher auch für viele neobarocke und zeitgenössische Orgelwerke.
